Na území MASMK se nachází 8 evropsky významných lokalit soustavy NATURA 2000: Moravský kras, Údolí Svitavy, Rakovecké údolí, Jižní svahy Hádů, Křtinský kostel, Luční údolí, Protivanov a Stráň nad Huťským potokem.

Do území náleží také 4 národní přírodní rezervace: Býčí skála, Vývěr Punkvy, Habrůvecká bučina a Hádecká planina.

Zvláště chráněná území doplňuje kategorie národních přírodních památek, které jsou na území MASMK celkem dvě: Býčí skála a Rudické propadání.

Na území MASMK se nachází 19 přírodních rezervací, 13 přírodních památek a 30 lokalit památných stromů, celkem 141 stromů.

Jihovýchodní i jihozápadní část území MASMK je charakteristická výskytem dubových a bukodubových lesních vegetačních stupňů, odkud podél řeky Svitavy dochází k plynulému přechodu lesní vegetace na typ dubobukový a bukový. V oblasti Protivanovska jsou typické jedlobukové a smrkobukové kultury.

Lučně-lesním přírodním parkem vyskytujícím se na území MASMK je Rakovecké údolí. Druhou významnou lokalitou z pohledu výskytu hodnotných biotopů rostlin a živočichů je lesní přírodní park Říčky.

Na území MASMK se nachází CHKO Moravský kras, ramsarský mokřad Podzemní Punkva a 2 přírodní parky.